绩效审计的原理与传统审计的原理是相同的，都是搜集某一经济活动及其相关陈述事项的数据，与既定标准相比较，将结论传递给有关各方的一个系统的过程。与传统财务审计不同的是，绩效审计没有严格的审计准则可供遵循，其报告格式也多样。它吸收了管理咨询中专业分析的合理成分，同时严格保证审计人员的独立性、客观性和报告的技术要求。
绩效审计在搜集和评价过程中除运用了财务审计中广泛使用的审阅、观察、计算、分析等技术和方法以外，更主要地运用了调查研究和统计分析技术。
调查是一种既简单又复杂的工具，它可以用来调查事实，也可以用来调查对特定问题的看法。目前现存的调查种类有当面调查、电话调查和邮函调查。每一种调查方法都有其优点，也有不可避免的缺点，在绩效审计过程中，一般要结合运用。调查方法易于操作，但准确性差，需要审计人员较多的判断，所以，审计人员进行抽样调查时，一般要保证一定的样本量。
统计分析也是绩效审计中用来了解状况、进行分析的常用方法。在评价经济性、效率性、效果性时，经常用统计分析的方法，分析其中各因素的影响、确定其中的因果关系或者找出存在的差距及原因。统计分析方法相对于调查来说。不易操作，要求审计人员具备一定的技术和能力，但准确性强，结论相对可靠。
除了调查和统计分析以外，绩效审计中还要运用非统计抽样分析技术、业务测试、量——本——利分析等方法。在实施绩效审计中，审计人员要根据具体情况决定采用哪一种审计的技术和方法。不论审计人员决定采用什么技术和方法，都必须以保证审计报告的客观性和公正性为原则。
绩效审计的报告没有统一的格式，报告的格式和内容因审计评价的对象、内容的不同而不同。一般来说审计报告的内容应包括被审计对象的一般情况、运用评价方法和得出的结论、建议等。上面介绍的美国会计总署关于联邦政府向医疗卫生专业学生提供贷款和奖学金项目的效果性审计的报告中还包括了卫生、教育、社会福利部对审计结论的反应。值得注意的是，绩效审计报告中的建议仍然是建议改进什么，而不是建议如何改进，因为后者是管理部门的责任，不是审计部门的责任。
